Levestederne for alle særligt beskyttede arter efter international og national lovgivning, skal beskyttes og må ikke ødelægges. Det samme gælder for de beskyttede naturtyper. Målet med beskyttelserne er at sikre og fremme biodiversiteten.
For at bevare og fremme flagermus og deres levesteder, skal store gamle træer i hele fredningsområdet som udgangspunkt bevares. Døde træer vil blive stående til glæde for smådyr, fugle og svampe. Fokus skal være på træer i ældre bevoksninger, som vender ud imod åbne områder eller andre steder med et åbent kronetag. Træer mod veje og stier er undtaget, da disse på sigt udgør en sikkerhedsrisiko og må påregnes fældet.
Udviklingen i de beskyttede naturtyper i fredningsområdet følges løbende.
En stor del af fredningsområdet er beskyttet efter Naturbeskyttelseslovens §3 mod tilstandsændringer. Følgende beskyttede naturtyper findes inden for fredningsområdet
Gladsaxe Kommune foretager gennemgang af flora og bilag IV arter i beskyttede områder efter tilsynsplan. Ud over en gennemgang hvert 10 år foretages regelmæssige registreringer af flora og fauna for at følge udviklingen af områderne og registrering af nye områder.
I Lyngby-Taarbæk Kommune henholdes der til statens krav om gennemgang af beskyttede områder hvert 10 år.
Af særligt beskyttede arter findes padder og frøer som stor vandsalamander og spidssnudet frø. Der er registreret 6 arter af flagermus. Det er vandflagermus, brunflagermus, dværgflagermus, troldflagermus, skimmelflagermus og sydflagermus. Området er et fremragende fourageringsområde for flagermus, da det indeholder mange træer og insekter.
Af truede arter findes mange padder og frøer som lille vandsalamander, butsnudet frø, grøn frø, snog og stålorm.
Der er ikke internationalt beskyttede områder inden for fredningsområdet, de såkaldte Natura 2000 områder, men der er en række arter, som er på udpegningsgrundlaget for de internationsalt beskyttede områder.
Af fredede arter er der orkideer. Ved Aldershvile Skov nær Bagsværd Sø vokser skovhullæbe. Ved stien til Bagsværd Sø forbi Søgården vokser den relativt sjældne Skælrod, der snylter på rødder af træer, især Hassel.
Af fugle er området ynglested for den sjældne hvinand. Hvinanden yngler med 12 par i de ophængte redekasser langs Lyngby Sø og Bagsværd Sø.
Lyngby Åmose er et område med sjældne naturtyper og mange arter af planter, insekter, sommerfugle og svampe.
Der ses sjældne sommerfugle så som bølle blåfugl, der kun kan yngle på planten mosebølle, hvorfor der i dag plejes for at bevare denne. Natsværmeren stængelugle, der kun kan lægge æg i stænglerne af høj sødgræs hvorfor denne også skal bevares.
Der ses desuden sct. hans orme og i fattigkærene tuekæruld, blomstersiv, soldug, butfinnet mangeløv og hedelyng. I de skovbevoksede fattigkær er der desuden fundet den meget sjældne grenet star og femradet ulvefod.
Der bliver på flere lokaliteter i dag foretaget naturpleje for at bevare disse arter og naturtyper.
I 2014 er der i Lyngby Åmose foretaget en del registreringer: Der er foretaget værdisætning af de lysåbne arealer, skovarealer og i en af søerne, derudover er der foretaget registrering af svampe og af invasive arter.
Klik på kortet for at åbne interaktivt GIS kort