Vandhuller og kanaler skal fremadrettet bevares med hver deres specielle udtryk, til glæde for både biodiversiteten og de mange besøgende. Der skal således fortsat være mulighed for at cykle, løbe og gå langs kanalerne på de allerede eksisterende afmærkede stier i området. Især af sikkerhedsmæssige grunde, men også for at beskytte den sårbare natur, er det i Lyngby Åmosen ikke tilladt at gå udenfor de etablerede og markerede stier.
Det er målet gennem pleje og om nødvendigt gennem andre relevante tiltag, at sikre, at der i området ikke sker yderligere udtørring. Derimod bør der arbejdes henimod, at selve moseområderne bliver mere våde, således arter der idag er truet p,g.a mangel på vand som f.eks blomstersiv, rundbladet soldug og bukkeblad får øgede muligheder for at overleve, og at mulighederne for opvækst af især birk vanskeliggøres.
Gennem målrettet pleje forsøge, at sikre vandhullet syd for Sorgenfri Kirke, så det fremadrettet fremstår som en mose med hvas avneknippe.
Kanaler og vandhuller skal fremadrette også være områder med høj biodiversitet, ligesom der bør skabes mulighed for, at forsvundne arter som f.eks stor vandsalamander, krebsekloen og grøn mosaikguldsmed, kan vende tilbage.
Det afsnørede vandløbsstykke af den oprindelige Fur Å bør også fremadrettet kunne benyttes til en padletur ind i Lyngby Åmose.
Åmosen gennemskæres af mange vandhuller, grøfter, kanaler og et enkelt rudiment af den tidligere Fur Å.
Langs med mange af Åmosens stierne er der kanalagtige grøfter.
I kanaler og vandhuller ses et alsidig og dyre-og planteliv som kærmysse, kalmus, vandrøllike, sødgræs, frøbid, og mange hertil knyttede insekter, heraf flere sjældne, på flere lokaliteter, især langs med kanalerne holder sct hans ormen til, ligesom flere natsværmere og sommerfugle er knyttet til områderne med tagrør og høj sødgræs.
Ved vandhullet syd for Sorgenfri kirke er der gennem tiderne udviklet en hængesæk, hvor der bl.a er registreret kærmysse, tue kæruld og hvas avneknippe ligesom der er set snog og lille vandsalamander.
Flere steder er der via kanaler og grøfter direkte forbindelse mellem Lyngby Åmose og Lyngby Sø.