Det er målet at bevare og videreudvikle Lyngby Åmoses meget alsidige unikke særpræg med næringsfattig skovmose og næringsrig ellemose, hvor væltede træer får lov at blive liggende, og hvor publikum kan færdes på de velafmærkede stier, og nyde skovarealerne med præg af urørt skov.
Gennem jævnlig overvågning, at sikre og bevare naturværdier, og efter behov foretage pleje, for herigennem, at skabe forbedrede levevilkår for de sjældne arter af planter, insekter og svampe.
Ved også at pleje målrettet for arter der i dag optræder med enkeltfund ( bilag IV og rødlistede arter), vil man kunne fastholde og formentlig fremme de mange og varierede naturværdier og den høje biodiversitet som de skovbevoksede arealer i Lyngby Åmose indeholder.
Der kan foretages hævning af vandstand, til gavn for højmosearterne, og som vil minimere opvækst af birk og røn
Der kan forsøges at undgå indtrængning af næringsrigt vand fra Lyngby Sø
Rydde for de ikke hjemmehørende arter som f.eks. alm. bærmispel og glansbladet hæg
Kan rydde opvæksten af ahorn, bøg og gran
Rydde nyopvækst af bøg på lokaliteter med den femradede ulvefod
Kan foretage yderligere mindre skovrydning på arealer omkring de nuværende lysåbne arealer.
Størstedelen af Lyngby Åmosen udgøres af fugtige skovbevoksede arealer, vekslende mellem aske/ellesump og birkemose.
Udover stierne er Lyngby Åmose relativ utilgængelig for publikum, de skovbevoksede område henligger som delvis urørt skov hvor væltede træer får lov at henligge, til gavn for især insekter og svampe.
Området er tilholdssted for en lang række arter f.eks. flere arter af flagermus, som alle er omfattet af international beskyttelse da de står på EU's liste over bilag IV arter.
Der blev i sommeren 2014 foretaget både en værdisætning af skovområderne og en registrering af svampe i skovområderne. Værdisætningen af de tre skovarealerne viste en værdi II på en skala fra IV, med I som det højeste. Ved svamperegistreringen blev der fundet 153 forskellige svampe heraf en helt ny art for Danmark, blækhatten, coprinopsis saccharomyces, og 8 rødlistede arter. I svamperegistrerings rapporten, blev det bemærket, at potentialet til at finde flere svampe var til stede i takt med at skoven bliver ældre og flere træer henfalder.
Der blev i skovområderne også fundet flere sjældne plantearter, heriblandt flere bestande af femradet ulvefod, og enkelte eksemplarer af mose vintergrøn, fladstrået siv og grenet star, som alle er beskyttede som rødlistede.
Det blev samtidig konstateret, at der er en del invasive arter i området, især er den almindelige bærmispel i visse områder meget dominerende og en trussel mod de hjemmehørende arter.
På grund af den fortsatte udtørring af området er der sket en kraftig tilvækst af træer som ahorn og bøg, som ikke hører til i hverken ellesumpen eller birkemosen.